8 ήττες σε 8 αναμετρήσεις μετράει o Παναιτωλικός στην προϊστορία του με την ΑΕΚ. Οι δύο ομάδες στην Α Εθνική έχουν συναντηθεί μόνο τη διετία 1975-77 που τα καναρίνια είχαν ξαναβρεθεί που στα μεγάλα σαλόνια. Επιπλέον οι δυο ομάδες έχουν συναντηθεί και το Κύπελλο Ελλάδας τις σαιζόν 1979-1980 και 1994-1995. Χαρακτηριστικό των παιχνιδιών που έχουν γίνει στην Αθήνα είναι ότι ο Παναιτωλικός δέχτηκε 4 γκολ (3 φορές) και 5 γκολ (μία φορά).
Αναλυτικά η προϊστορία:
Α Εθνική 1975-1976
Παναιτωλικός – ΑΕΚ 1-3
ΑΕΚ – Παναιτωλικός 4-0
Α Εθνική 1976-1977
Παναιτωλικός – ΑΕΚ 1-3
ΑΕΚ – Παναιτωλικός 4-0
Σούπερ Λιγκ 2011-2012
Παναιτωλικός – ΑΕΚ 0-2
Κύπελλο 1979-1980
ΑΕΚ – Παναιτωλικός 5-1
Κύπελλο 1994-1995
Παναιτωλικός – ΑΕΚ 0-5
ΑΕΚ – Παναιτωλικός 4-1
